La historia del HAARP comenzó en 1958, cuando el físico Nicholas Christoferson ofreció usar para la comunicación con los submarinos sumergidos en el mar una banda de frecuencia extremadamente baja (o ELF, por sus siglas en inglés), y luego surgió la idea de generar estas ondas. La nueva emisora fue concebida por el físico Dennis Papadopulos a mediados de los ochenta, pero la construcción no empezó antes de mediados del año 1990 gracias al respaldo del senador de Alaska Ted Stevens. En la conferencia de prensa con motivo del inicio del proyecto, el senador informó que los objetivos del mismo eran solamente la utilización de la energía de la aurora boreal y la lucha con la crisis energética. Pero los medios de comunicación difundieron información sobre la participación en el HAARP del físico Bernard Eastlund, propietario de la patente del “método y el aparato para alterar una región de la atmósfera, ionósfera y magnetosfera de la Tierra”. En esta patente también figuraban antenas, pero las que se usarían no para la comunicación con submarinos, sino para la creación de un escudo energético, capaz de inutilizar a los cohetes y aviones enemigos. Para realizar tales operaciones, se necesitaba un lugar donde las líneas del campo magnético fueran perpendiculares al suelo. Alaska era el lugar adecuado. Aunque los científicos trataron de convencer a la sociedad de que una estación capaz de derribar cohetes tendría que ser 300.000 veces más potente que el HAARP y a pesar de que el Ministerio de Defensa de EE. UU. rechazó la propuesta de Eastlund como absurda, muchos no llegaron a creer estas explicaciones. En los años noventa los científicos estadounidenses trataron de utilizar las ondas ELF y las capacidades del HAARP para localizar búnkeres subterráneos, por ejemplo el de Osama Bin Laden, pero los intentos fracasaron. Luego se sugirió emplear la estación para resistir explosiones nucleares producidas en altura, en las que se liberan electrodos de potentes energías capaces de dañar satélites en órbita, así como elaborar un método para proteger los sistemas de comunicación de los satélites de la radiación solar.
